پژوهشکده امر به معروف و نهی از منکر، زیر مجموعه ستاد امر به معروف و نهی از منکر کشور است، این پژوهشکده به بررسی ریشه ای و تخصصی امر به معروف، جایگاه، مراحل، چگونگی اجرای آن در جامعه می پردازد. از اهداف مطالعاتی این پژوهشکده ارائه راهکارهای راهبردی می باشد.